Pirat- og kapervæsen var i århundreder til stor gene for handelsskibe og beboere langs de danske kyster. Omkring 1427 indførte Erik af Pommern Øresundstolden. Øresund var blevet en vigtig søvej til Østersøen og den danske krone øjnede chancen for at opkræve told.
Den værdifulde Østersøhandel var stærkt udsat, når udenlandske kapere eller pirater hjemsøgte farvandene. Bl.a. for bedre at kunne beskytte grundlaget for Øresundstolden oprettede kong Hans i 1510 den danske orlogsflåde. Det gav kongen en legitim grund til fortsat at opkræve tolden, at Danmark militært beskyttede handelsskibene i sine farvande.
I løbet af 1500-tallet lykkedes det, at få bugt med piraterne i de indre danske farvande - Skagerrak, Kattegat, Øresund og Bælterne. Anderledes så det ud i Nordsøen og i Nordatlanten mellem Norge og Grønland. Her var pirater stadig et problem. I ny og næ sendte man flåden af sted på jagt efter pirater i farvandene mod vest og nord, men området er så stort, at det nærmest var umuligt at afpatruljere. Det lykkedes Christian 4.s orlogsskibe at fange enkelte pirater, men indsatsen kunne ikke forhindre at Island og Færøerne blev hjemsøgt og plyndret af nordafrikanske pirater i 1627 og 1629.
Efterhånden fik man også bugt med piraterne her. Kapere var dog et helt andet problem. En kaper adskiller sig fra en almindelig pirat ved at have fået kaperbrev; en kongelig autorisation til at drive pirateri overfor fjendtlige skibe under krig. I de dansk-svenske krige brugte både Danmark og Sverige kapere i stor stil, det var bl.a. derfor, at en tredjedel af de danske handelsskibe gik tabt under Store Nordiske Krig (1709-1720).
Under Englandskrigene (1807-1814) udstedte Danmark næsten 600 kaperbreve. Udstedelsen af kaperbreve var dog ikke flådens opgave.
Den 25. juni 1856 tilsluttede Danmark sig et internationalt forbud mod kaperi.
Den danske Neutralitetseskadre opankret ved Flekkerø, 1757
I 1756 oprettede Danmark-Norge en eskadre til bekæmpelse af kaperiet i Atlanterhavet. Eskadren måtte dog se til med hænderne i skødet, mens udenlandske kapere solgte deres priser i Norge. Mogens Clement Mogensen Rønneby, 1757. Orlogsmuseet.
Kaperen ROLAND, 1809. Ikke alle kapere havde lige stor succes. Den danske kaper ROLAND nåede således kun at sejle med kaperbrev i to måneder, før den i august 1809 blev taget af et engelsk krigsskib. Handels og Søfartsmuseet.
Kronborg ca. 1700. Kronborg fæstning blev opført i 1574-85. Fæstningens kanoner gav den nødvendige militære støtte til opkrævning af sundtolden. Tøjhusmuseet.