Museets nye særudstilling handler om den danske flådes kamp med pirater gennem 500 år. Udstillingen er en rejse i tid, der bringer den besøgende vidt omkring. Først går turen til 1600-tallets Island, der hærgedes af nordafrikanske pirater. Dernæst sættes kursen mod Middelhavet, hvor de lokale pirater kidnappede danske og andre søfolk i stort tal. Fra Middelhavet krydses Atlanterhavet med Vestindien som destination, det klassiske piratfarvand kendt fra litteratur og film. Sidst rejser vi i tid og rum fra 1800-tallets Vestindien til vores egen tid og farvandet ud for Afrikas Horn og Somalia, hvor nutidens pirater er et stort problem. Fælles for de fire historier er, at den danske flåde alle fire steder aktivt har bekæmpet piratproblemet.