I årene fra 1671 til 1917 havde Danmark kolonibesiddelser i Vestindien, og i denne periode var området til tider voldsomt plaget af pirater og kapere. To af den danske flådes hovedopgaver i Vestindien var derfor jagt på fjendtligtsindede pirater og kapere, samt konvojtjeneste til beskyttelse af danske handelsskibe.
De dansk-vestindiske øer
I 1671 afsejlede to danske orlogsskibe fra København for at etablere en dansk koloni på øen Skt. Thomas i Vestindien. Trods ulykker var togterne en succes, og i begyndelse af 1700-tallet blev de danske besiddelser udvidet med øerne Skt. Jan og Sankt Croix. På nær under krigen med England, 1807-14, forblev de tre øer en del af det danske rige frem til 1917, hvor de blev solgt til USA.
Havnen i Charlotte Amalie på Skt. Thomas.
Skt. Thomas er velsignet med en af Vestindiens bedste naturhavne, og øen blev et knudepunkt for handel i sejlskibenes tid. I anden halvdel af 1800-tallet fik havnen en betydelig rolle som kulstation for de oceangående dampskibe, og i dag er Skt. Thomas en af de største krydstogthavne i Vestindien. Bradt, ca. 1790. Kongelige Bibliotek.
Protestant Cay, ca. 1860
Øen Protestant Cay ved indsejlingen til havnen i Christiansted på Skt. Croix. Her boede i mange år øens overlods. Overlodsen havde til opgave at guide skibene sikkert ind og ud af havnen, og posten var ofte besat af en søofficer. H.F.M. Visby, ca. 1866. Orlogsmuseet.
Kampen ved Fugleklippen, den 3. marts 1801.
Den danske brig LOUGEN i kamp med de to engelske fregatter tæt ved Skt. Thomas. Efter en times kamp trak de engelske fregatter sig, da LOUGEN søgte dækning under de danske kanoner på Skt. Thomas. Udført af løjtnant F. M. Dodt, der gjorde tjeneste ombord på LOUGEN og blev såret under kampen.
Briggen Lougen under Capitain Jessens Comando angribes ved St. Thomas af 2de Engelske Fregatter den3die Marts1801. F.M.Dodt, ca. 1802. Orlogsmuseet.
Orlogsflaget i Vestindien, 1818-1830
I 1600 og 1700-tallet syntes pirater og kapere ikke at have haft den store betydning for handlen og søfarten i dansk-vestindien, men i den sidste halvdel af den spansk-amerikanske uafhængighedskrig (1809-1829) kom bekæmpelsen af kapere til at spille en væsentlig rolle for den danske flåde.
Handlen og søfarten på Skt. Thomas blomstrede i tiden denne tid. Uafhængighedskrigen medførte dog et voksende problem med sydamerikanske kapere, og i 1816 blev en orlogsbrig sendt til Vestindien. Med et væsentligt bidrag fra de Vestindiske købmænd blev styrken øget til to orlogsskibe i 1818, og frem til 1830 sejlede Flåden 43 togter til Vestindien.
Da Danmarks økonomi var svag, og Flåden var gået tabt i 1807, må denne indsats betragtes som en af den danske flådes hovedopgaver i denne periode.